Archive for May, 2007

MANDAG UKE 3

Monday, May 14th, 2007

i dag fikk vi endelig det etterlengtede kittet. Dette kittet har et nytt lotnummer.Vi har satt opp de prøvene som skal analyseres på nytt. Disse vil være ferdig analysert til onsdag. vi vil derfor på onsdag få informasjon om det nye kittet gir bedre resultater eller om det er like håpløst som det gamle. Vår foreløpige konklusjon før vurdering av det nye kittet, er at det gamle viser altfor stor variasjon. Hvis vi får bra resultater med det nye kittet kan vi eventuelt konkludere med at det har vært noe feil med det gamle kittet og eventuelt at det nye er forbedret.

vi har tidligere på dagen i dag jobbet med teoridelen til oppgaven.

vi har tenkt å levere oppgaven inn til i morgen kvell. Hvis det er mulig hadde det vært fint å kunne fått veiledning på oppgaven på mandag. Dette for å få en pekepinn på om vi er på rett vei, samtidig som vi vil ha god tid til å rette opp eventuelle feil. Det vil i hovedsak være teoridelen som er klar til vurdering. Resultatene og diskusjonen krever enda mye arbeid, særlig med tanke på at vi enda ikke har alle resultatene.

Mandag uke 2

Monday, May 7th, 2007

Vi har sett pÃ¥ resultater fra forige ukes analyser. kontrollene (7 paralleller av K1) hadde høy CV, men stort sett innenfor godkjente 10%. Den verste gensekvensen var FMR2 exon 2 som hadde CV pÃ¥ 15%, vi har derfor konkludert med at FMR2 er for ustabil til Ã¥ benytte i denne diagnostikken… Parallellene varierte en del mellom laveste og høyeste verdi, men siden vi ikke har en grenseverdi utenom CV Ã¥ forholde oss til er det vanskelig Ã¥ si noe om disse.

Vi skal analysere ca 20 prøver hver i dag, inkludert en rekke omkjøringsprøver.

Uke 1 på lab

Monday, May 7th, 2007

Den første uka vi hadde pÃ¥ lab fikk vi analysert noen prøver. Vi hadde litt problemer med kontrollenes stabilitet og det ble bestemt at vi skulle analysere en serie med paralleller av en kontroll for Ã¥ se pÃ¥ variasjonen. Dette skulle vi se pÃ¥ i uke 2. PÃ¥ grunn av at kontrollene var ustabile mÃ¥tte en rekke prøver analyseres pÃ¥ nytt igjen. Vi frykter at vi ikke fÃ¥r noen positive svar, og prøver derfor Ã¥ finne ut hva vi kan basere problemstillingen vÃ¥r pÃ¥ i dette tilfellet. Dette synes vi er kjempevanskelig, og vi er derfor kommet kort med tanke pÃ¥ problemstilling. Vi frykter at vi ikke har et statistisk grunnlag for Ã¥ gjøre en ordentlig vurdering av kittet, og har lyst til Ã¥ vri oppgaven bort fra statistikk… Men er det mulig? Og hvordan?

SÃ¥ langt har vi gjort:

1 kontroll, 7 paralleller -> konklusjon, FMR2 ubrukelig. Analysere flere kontroller pÃ¥ samme mÃ¥te? Og pÃ¥ den mÃ¥ten sammenligne CV og forskjell mellom høyeste og laveste verdi, kanskje lettere Ã¥ dra flere konklusjoner og vurdere kittet. Under analyse av prøver har vi satt opp tre ulike kontroller, disse har hatt variabel CV, og hver enkelt kontroll har variert i resultater… Kan det være en idé Ã¥ ha paralleler av de tre kontrollene i en analyse?

Av 32 prøver har vi fått ca 12 negative svar, mens resten måtte analyseres på nytt.